Como estrategia de organización, planificación y fortalecimiento institucional, el INVEMAR elabora anualmente su Plan de Acción.

Con el objeto de asegurar el cumplimiento de la misión del Instituto y salvaguardar los recursos que maneja, se elabora el Plan de Compras Anual.

El Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial, formuló el Plan Estratégico Nacional De Investigación Ambiental –PENIA-, con el objeto de definir los temas y áreas prioritarias de investigación, desarrollo e innovación, de acuerdo con los intereses y objetivos nacionales y para armonizar y focalizar los instrumentos de planificación de los institutos de investigación del Sistema Nacional Ambiental, SINA.

El Plan de Investigación Ambiental – INVEMAR – 2010, se constituye en el instrumento de planificación de la investigación ambiental en el tema marino costero liderado por la dirección general apoyado por el área misional conformado por la Subdirección de Coordinación de Investigaciones – SCI, los Programas de investigación y la Coordinación de Servicios Científicos – CSC, con el soporte de la Subdirección de Recursos y Apoyo a la Investigación - SRA y la Coordinación del Grupo Financiero – FIN.